Nabirajo se tudi dokazi, da so probiotiki učinkoviti pri avtizmu. Tale nova študija ugotavlja: Veliko število otrok z avtizmom ima tudi funkcionalne motnje prebavil. Pri teh otrocih so večkrat opazili aktiviranje imunskega odziva sluznice in nenormalno črevesno floro. Pri otrocih z avtizmom pa je prisotnost prebavnih motenj pogosto povezana tudi s povečano razdražljivostjo, čustvenimi izpadi, agresivnim vedenjem in motnjami spanja. Tudi z antibiotiki se lahko vpliva na črevesno floro, kar lahko pri nekaterih začasno izboljša simptome. Probiotiki pa vplivajo na črevesno floro, delovanje črevesne bariere in imunski odziv sluznice. Uporaba probiotičnih bakterij bi bila torej verjetno koristna za izboljšanje črevesne mikroflore, zmanjševanje vnetja in izboljšanje delovanja povrhnjice, kar bi lahko izboljšalo vedenjske simptome nekaterih otrok z avtizmom. Pregled literature podpira klinično testiranje probiotikov pri avtizmu, še posebej v kontekstu reševanja gastroenteroloških težav.